واحد امور کمیسیون‌ها به عنوان یکی از بخش‌های کلیدی اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی بوشهر دربرگیرنده کمیسیون‌های تخصصی می‌باشد. کمیسیون‌های تخصصی متشکل از اعضای اتاق، مشاورین، کارشناسان خبره و نمایندگان تشکل‌های اقتصادی و دستگاه‌های دولتی مرتبط بوده که علاوه بر مسائل عمومی اقتصاد کشور و موضوعات بین‌المللی، مباحث تخصصی حوزه فعالیت خود را مورد بررسی، نقد و تحلیل قرارداده و در شکل دهی نظرات و پیشنهادات منعکس شده از اتاق بازرگانی بوشهر به عنوان مشاور سه قوه نقش موثری دارند. این کمیسیون ها همواره در مسیر توسعه قابلیت‌های خود گام برداشته و توانسته‌اند ضمن تلاش برای توسعه بخش خصوصی، در مسیر رفع موانع رشد این بخش به جایگاه واقعی خود دست یابند